На основании соглашения № 2 между Министерством здравоохранения КР, мэрией г. Бишкек и Бишкекским городским кенешем от 17 марта 2004 г. на базе Бишкекской городской клинической больницы скорой медицинской помощи совместным постановлением мэриии и БГК создан Бишкекский научно-исследовательский центр травматологии и ортопедии при мэрии г. Бишкек. Тогда же директором назначен Жумабеков С.А.


В 2017 году между министерством здравоохранения КР и мэрией г.Бишкек подписано соглашение о сотрудничестве в сфере здравоохранения. Согласно документу, единоличным учредителем ряда столичных обьектов здравохранения, в том числе БНИЦТиО,  определено Министерство здравоохранения КР.  
Согласно документу, в ведение Минздрава были переданы организации здравоохранения города Бишкек. Однако, реализация данного соглашения не была осуществлена в полной мере.  На сегодняшний день, муниципалитетом  проводится работа по исполнению в установленном законодательством  порядке вышеуказанного  соглашения от 2017 года.  

Справочно: Статья 19 Закона КР «Об организациях здравоохранения в Кыргызской Республике» регулирование, координация, а также контроль медицинской деятельности организаций здравоохранения независимо от их ведомственной подчиненности и форм собственности осуществляются уполномоченным государственным органом КР в области здравоохранения. Таким образом, организация медицинской деятельности и оказание медико-санитарной помощи относится к компетенции Министерства здравоохранения КР.